Kamui Kobayashi consiguió la pole position con el Toyota GR010 Hybrid #7 gracias a un 1:29.234 en su primera vuelta rápida. En el primer intento de Brendon Hartley con el otro coche de los japoneses, logró marcar un 1:29.285, antes de bajar al 1:29.254.

Mattihieu Vaxiviere, por su parte, se hizo con la tercera posición a bordo del Alpine A480-Gibson, a tan solo dos décimas de diferencia de los Toyota, con un 1:29.446. Los dos Peugeot se quedaron a un segundo de la cabeza, en la cuarta y quinta posición tras marcar un 1:30.000 con Jean-Eric Vergne en el #93, y un 1:30.152 en el #94 de Loic Duval.

Antonio Félix da Costa consiguió la pole position en la categoría de LMP2 con el equipo JOTA gracias a su 1:31.649 a bordo del Oreca 07-Gibson LMP2 #38. Eso lo puso medio segundo por encima del resto tras el primer intento, pero la diferencia se redujo después de que todos los pilotos favoritos salieran a rodar con un segundo juego de gomas. El portugués no pudo mejorar su crono, pero Nicklas Nielsen bajó al 1:31.929 en el Oreca AF Corse Pro/Am para ser segundo.

Robin Frijns, que había sido segundo en después de los primeros intentos, batió su propio registro para hacer un 1:32.059, pero cayó a la tercera plaza en el Oreca #31 WRT. Ferdinand Habsburg escaló hasta el cuarto lugar en el #41 del Realteam by WRT Oreca con un 1:32.143 en su segundo intento.

Porsche lidera la clasificación de GTE Pro

Michael Christensen consiguió la pole position para Porsche en la categoría tras marcar un giro de 1:36.371 en el 911 RSR #92, el cual terminó con casi dos décimas de ventaja sobre James Calado en el más veloz de los Ferrari.

El 1:36.566 de Calado le dio un margen similar sobre el segundo Porsche de Gianmaria Bruni, que marcó un 1:36.800. Miguel Molina se hizo con la cuarta posición en el segundo de los Ferrari gracias a un 1:36.851 en su tercera vuelta rápida. 

Nick Tandy, de Corvette, se colocó en la parte trasera de la categoría GTE Pro con cinco coches tras registrar un crono de 1:37.127.  Ben Keating consiguió su tercera pole position de la temporada en GTE Am a bordo del TF Sport Aston Martin Vantage GTE, superando a Sarah Bovy en el Ferrari de Iron Dames por solo cinco centésimas de segundo.  Keating marcó un 1:39.309, frente al 1:39.371 de Bovy. Franck Dezoteux fue tercero con el Ferrari Spirit of Race de AF. 

Las 6 Horas de Fuji, la penúltima prueba del WEC de este año, comienzan el domingo a las 11:00 hora local.

Cla	Pilotos		Auto	Clase	Vueltas	Tiempo promedio	Diferencia
1	Mike Conway Kamui Kobayashi José María López		Toyota GR010 - Hybrid	HYPERCAR	5	1'29.234
2	Sebastien Buemi Brendon Hartley Ryo Hirakawa		Toyota GR010 - Hybrid	HYPERCAR	5	1'29.254	0.020
3	André Negrao Nicolas Lapierre Matthieu Vaxivière		Alpine A480	HYPERCAR	5	1'29.446	0.212
4	Paul di Resta Mikkel Mac Jensen Jean-Eric Vergne		Peugeot 9X8	HYPERCAR	6	1'30.000	0.766
5	Loic Duval Gustavo Menezes James Rossiter		Peugeot 9X8	HYPERCAR	5	1'30.152	0.918
6	Roberto González Antonio Felix da Costa Will Stevens		Oreca 07	LMP2	6	1'31.649	2.415
7	Francois Perrodo Nicklas Nielsen Alessio Rovera		Oreca 07	LMP2	6	1'31.929	2.695
8	Rui Andrade Ferdinand Habsburg Norman Nato		Oreca 07	LMP2	6	1'32.143	2.909
9	Sean Gelael Robin Frijns Dries Vanthoor		Oreca 07	LMP2	6	1'32.210	2.976
10	Renger van der Zande Ryan Cullen Sébastien Bourdais		Oreca 07	LMP2	6	1'32.297	3.063
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